A fahordókat használat után megfelelően ki kell tisztítani.
A nemrég kiürült hordókat ma már legtöbbször speciális hordó tisztító gépek tisztítják ki. Fiatal bor tárolása után a hordóban élesztő és borkő lerakódások maradnak vissza. Ezeknek a maradványoknak a kikefélése a gépi tisztítás megfelelő alternatívája. A hordó minden egyes megtöltése előtt vizuálisan és szaglással is ellenőrizni kell a hordó tisztaságát.
Azok a használt hordók, melyeknél rossz mikroflóra – például ecetsav baktérium vagy penészesedés – jelent meg, a fent leírtaknak megfelelő kezelésben részesíthetők. A régi kádárok tisztítási szabálya szerint „először szárazon kikefélni, friss vízzel tisztítani, aztán forró vízzel vagy gőzzel tisztítani, majd végül hideg friss vízzel kimosni”.
Penész esetén a hordót mindig először ki kell szárítani, majd ezután hideg vízzel alaposan kikefélni. Forró vizet vagy gőzt csak tiszta hordóbelső esetén használjunk, különben a penész íze belepréselődhet a hordó anyagába. Erősen elpenészedett hordók esetében ez a tisztítási eljárás elégtelen, a következő töltete penészes ízűvé válhat.