Az erjedés folyamatát már időszámításunk előtt több ezer évvel ismerték és alkalmazták anélkül, hogy tudták volna, miként és mitől is zajlik le. A cukor tartalmú leveket, gyümölcsöket a levegőben és a gyümölcsökön található mikroorganizmusok spontán erjesztik meg. Az erjesztés végeredményét megismerve – melyhez talán egy jó kis gyümölcsvacsora adta az ihletet – idővel tudatosan készítettek alkohol tartalmú italokat. A római és görög kultúrában bort, az egyiptomiaknál és babilóniaknál sört készítettek. Mindenütt az istenektől eredő italnak tekintették, és vallási szertartások során fogyasztották. Érdekes, hogy bár az alapanyogok az idő elteltével változtak, a módszer és az eszközök szinte azonosak maradtak.
A lepárlást, azaz a töményszesz előállítását már Arisztotelész is megpróbálta, azonban mivel nem jött rá a hűtés módjára, nem tudta elkészíteni az első párlatot. Arab tudósoknak köszönhetjük ezt a fontos felfedezést (VIII. és XI. század között), de azt nem tudjuk, hogy töményszesz előállítására is használták-e tudásukat. Az első szeszlepárlást úgy tudjuk, a XI. században, Itáliában végezték. Erre utal a desztilláció kifejezés is, melyet a latin destillare (kicsepegetetni) egy olasz alkimista alkotott. Az alkohol szó pedig az arab al kukul szóból ered (ezúton is köszönet érte), jelentése finom por. Érdekes, hogy 1250 körül a borból lepárolt spiritus vinit az olaszok pestis elleni gyógyszerként használták.
Buda környékén már a XIII. századból találtak speciális égettboros (pálinkás) üvegeket, tehát ekkor már hordtak Magyarországra Itália felől borpárlatot. Üveget akkoriban csak Itáliában készítettek. A XIV. már a királyi orvosoknak ismerniük kellett ezt az új "gyógyitalt".
Az első írásos mű 1332-t említ: 1656-ban a Frankfurtban dolgozó Joannes Praevotius kiadta Opera medica című könyvét, melynek elején megemlíti a magyar királyné vizét. Ez a víz tulajdonképpen egy borpárlat volt rozmaringgal aromásítva. Gyakorlatilag gyógyszer volt s nem italként használták. (mint a mai svédcseppet). Praevotius könyvének idézete szerint Erzsébet királyné saját köszvényének gyógyítására használta a rozmaringos borpárlatot.
Ugyanakkor tudjuk, hogy Károly Róbert királyunk is erősen köszvényes volt, 1332-ben ezért kellett visszafordulnia itáliai útjáról. A köszvény nem egy könnyen elmúló betegség, királyunk mégis felgyógyult belőle, 1332 után sehol nem említik többé vele kapcsolatban. Ezt az italt úgy hívták, hogy „Aqua vitae reginae Hungariae” – „a magyar királyné életvize”. Az ital olasz kereskedőkön keresztül jutott el a királyi városokba és a királyi udvarba.
Az „égett bor” kifejezés nagyon sokáig fennmaradt a köztudatban, a mai napig még mindig használják egy-két helyen. Mátyás korában már különbséget tettek a gyümölcsből és a gabonából készült párlatok között. Ez utóbbiakat crematum, crematura névvel illették. A kifőzött pálinkát fahordóban tárolták. Erdélyben berbence volt a neve. Használták még a csobolyót is (lapos fahordó). Zalában a bucska, bucsku (9 literes hordó), Zemplénben berbence volt használatos. A butykoskorsó , a votykásfazék , különböző üvegek és kannák mellett a kobak, kobaktök, butykos, butella, butélia is a tárolás céljait szolgálták.
A XVI. századtól használják a pálinka szót a gabona alapú párlatok kifejezésére. A szó változatai gorolyka, gorelyka, gurulyka, goselka, rabasunka, brabasunka. A pálinka, babinka változatban 1572-ben fordul elő Debrecenben. A Kárpát-medencében a pálinkafőzés technológiájának az elterjedése északról-délre történhetett.
A XVI. századig az égetett szesz gyógyszernek számított. 1540-ben írásos nyoma van, hogy a tavaszra seprőssé vált borokat lepárolták. 1677-ben az éhinség miatt megtiltották a kenyérgabona lepárlását, ugyanis abból a gabonából is alkohol készült, amiből kenyeret kellett volna készíteni.
Az 1799-től kialakult kisüzemek, szesz-, pálinka- és likőrgyárak termelése elvezetett a pálinkafőzés központi szabályozásához. 1836-ban a földesúri előjog gyakorlatát törvényerőre emelték, majd bevezették a pálinkaadót. 1850-től a szeszkészítés állami monopólium lett. 1851-ben, az akkori Magyarország területén 105129 főzdét írtak össze. Ez azt jelenti, hogy szinte minden gazdaságnak, uradalomnak vagy településnek saját szeszfőzdéje volt. Az állam az 1920-as években jelentősen korlátozta a szesz előállítását. 1920-ban 260, 1970-ben 1070, 1982-ben 815 pálinkafőzde működött Magyarországon.
1949-ben 60 nagyobb bor- és gyümölcsszeszfőzdét államosítottak, ekkor megalakult a Gyümölcsszeszipari NV.. A többi főzde államosítása a következő néhány évben történt meg. Olyan intézkedések kapcsolódtak a főzéshez, mint a szesztilalom (Tanácsköztársaság alatt), a feles főzés (az eredmény fele a gazdáé, fele az államé) 1952-1970 között.
2010. szeptember 27-től érvénybe lépett a 2010. évi XC. törvény, mely szerint bizonyos feltételek mellett magánszemélyek is rendelkezhetnek pálinkafőző berendezéssel, melyhez már nem szükséges vámhatósági bejelentés.