A pálinkafőzés célja igen egyszerű, a cefréből szeretnénk nagy alkoholtartalmú, kellemes aromájú pálinkát előállítani.
A desztillálás során az alkohol és a víz eltérő forráspontját használjuk ki (a víz magasabb hőmérsékleten kezd el forrni). 78,4°C-os hőmérséklet után az akohol már forr, párolog, a víz pedig még nem. Ahogy zajlik a cefre lefőzése, a keletkező párlat egyre alacsonyabb alkoholtartalmú. Régebben addig főzték a cefrét, amíg 50%-os nem lett a kapott párlat, ez viszont azt jelentette, hogy az úgynevezett savanyúvizet is belefőzték, ami jellegzetes, kellemetlen ízűvé teszi a pálinkát. Mivel az aromák már a lepárlás elején kinyerhetők, ma már általában magasabb alkoholfok mellett leállítják a párolást, majd desztillált vízzel higítják az alkoholt, így nyerve el a kívánt erősséget.
A pálinkafőzők anyaga szinte kizárólag vörösréz, esetleg saválló acél. A vörösréz kitűnően vezeti a hőt, ellenáll a cefre savainak, valamint katalizálja a lepárlás során végbemenő kémiai reakciókat, ezáltal javítva a pálinka minőségét (átalakítja a kellemetlen szagú kén-hidrogént réz-szulfiddá). Hátránya, hogy korrózióra hajlamos, rézrozsda keletkezik rajta (ez nagy mennyiségben zavarossá teszi az előpárlatot), ezért fontos a tisztítása, karbantartása.
A saválló acél nem okozhat elszíneződést, azonban az ilyen készülékben előállított párlat minősége messze elmarad a rézüstben főzőttől.
A lepárló üst megtöltésekor az üst névleges térfogatának maximum a 75-80%-áig tölthető meg (kivéve egyes habzásra hajlamos cefréket, például a borseprőt, ilyenekkel csak 50-60%-ig szabad tölteni), egyébként áthabozhat. Ha nagyon sűrű a törköly vagy a cefre, fennáll a leégés veszélye, ezért ilyenkor annyi vizet öntsön rá, hogy ellepje, valamint használjon leégést gátló cefreszűrőt. A cefrét minél gyorsabban töltse át, majd zárja le az üstöt és ellenőrizze a tömítést, melyet szükség esetén rozs-víz keverékből készült tapasszal vagy teflon szalaggal erősíthet meg.
A felfűtés során figyelje az sisakban lévő gőzhőmérőt. Ha nagyjából eléri a 68°C-ot, csökkentse a fűtési teljesítményt. Ha nincs hőmérő a sisakban, akkor a páracső hűtő felőli végét figyelje, és amikor melegedni kezd, csökkentse a fűtést és nyissa ki a hűtő vízcsapját. A hűtés akkor jó, ha a hűtő felső harmada langyos, alsó fele hideg. Lassítani kell a melegítés ütemén, ha erős a habzás, illetve túl meleg vagy kevés a hűtővíz.
A leprálás során először az előfőzet jelenik meg, melyet ki kell önteni. Az előpárlat (az elsőként távozó párlat) alkoholtartalma akár 90% is lehet. Ennek a szaga jellegzetes, festékre vagy hígítóra emlékeztet. Kis tapasztalattal illat alapján könnyen elválasztható a főpárlattól. Alszesz főzésekor (tehát amikor a cefrét teszi az üstbe) a lepárlás addig folytatható, míg a kifolyó szesz már csak 2-3%-os, a tisztázás során (amikor az alszeszből pálinka készül) azonban kóstolással kell eldönteni, mikor kell leválasztani az utópárlatot. Amikor megjelenik a jellegzetes, kesernyés fazék íz (azaz a savanyú víz), érdemes befejezni a pálinka főzését, és az ezt követően még kijövő párlatot külön gyűjteni. Az összegyűjtött utópárlatok újbóli lefőzésével egy íztelen, magas alkoholtartalmú szeszt kap, mely például ágyasok vagy likőrök készítéséhez tökéletes alapanyag. Egy-egy pálinkafőzés általában 2-3 órán át tart. Végeztével a cefremoslék kiöntéséhez az üstöt úgy nyissa ki, hogy a forró gőz és maradék ne forrázza le. Lehetőleg védőkesztyűben végezzük a nyitást.
Ha a főzés során szúros, könnyezésre késztető szagot érez, azonnal szakítsa meg a lefőzést, semmisítse meg a cefrét és a párlatot is, és azonnal forduljon orvoshoz. Ez ugyanis az akrolein nevű mérgező anyag szaga, mely nem csak elfogyasztva, hanem már belélegezve is mérgező!
Nagy kénsavtartalmú cefre lepárláskor is óvatosan járjon el, nagy töménységben ez is káros. Ennek a szaga jellegzetesen szúrós.