Amennyiben a kész ecetet nem azonnal használja fel, hanem tárolja vagy értékesíti, valamilyen módon tartóssá kell tenni, meg kell akadályozni az ecetsav baktériumok további munkáját.
Ha szűretlenül szeretné hagyni az ecetet, akkor kíméletes módon pasztőrözheti és esetleg kénsav (max. 170 mg/liter) hozzáadásával is stabilizálhatja. Ha azt szeretné, hogy ecete átlátszó legyen, akkor a benne lévő cserzőanyagokat némi zselatin (0,1-0,3 gramm/liter) és kovasó hozzáadásával megkötheti. A fehérjéket betonittal (2-3 gramm/liter) lehet megkötni.
Végül az ecetben úszkáló anyagokat, a benne lévő ecet baktériumokat és élesztőket szűréssel lehet eltávolítani. Otthoni körülmények között elegendő egy kovaföldes szűrés is. Ilyenkor egy evőkanál kovaföldet keverjen az ecetbe, majd papírszűrőn szűrje át. Ettől azonban nem lesz teljesen tiszta, átlátszó a folyadék. Nagyobb mennyiségek esetén szivattyúval is rendelkező kisebb szűrőberendezéseket használnak, melyekben cellulóz lapok vagy szűrőbetétek találhatók, itt a zavarosodást okozó anyagok fent maradnak a szűrőbetéteken. Az ecet szinte teljesen tiszta, azonban a használt szűrőbetétektől függően nem mindenképpen steril. Ha nincs lehetőség rá, hogy sterillé szűrje, lehetséges, hogy a még benne lévő, élő ecetsav baktériumok – amennyiben elegendő oxigénhez jutnak – tovább dolgoznak, szaporodnak, és újabb ecetágyat képeznek. Az is lehetséges, hogy az ecetsav túloxidációja miatt a teljes ecet értéktelenné válik (ezt a peroxidáns fajok végzik el). Azért, hogy mindezeket elkerülje, 60-65˘C közötti pasztőrizálás javasolt. Ezt kisebb mennyiségeknél is elvégezheti, ilyenkor a már megtöltött palackokat vízfürdőben melegítse fel. Nagyobb mennyiségeknél átfolyó rendszerű pasztőrizálással vagy sterilizáló tartályban melegíthető fel a kész ecet, mely folyamat során az aromaanyagok csökkenésével kell számolni. Palackozás alatt ügyeljen rá, hogy csak valóban tiszta eszközöket használjon. A legjobbak az üvegből készülő csatos palackok, parafa vagy műanyag dugóval ellátva. Töltse minél jobban tele az üvegeket, hogy lehetőleg ne maradjon levegő benne.